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督察主要针对各市州和部分生态功能地位重要、环境保护任务繁重或环境问题相对突出的县市区党委和政府及有关部门开展，原则上每年安排2-3个市州、5个左右县市区开展。
2016年下半年开始试点，2017年起全面推进。督察时间根据任务需要确定，原则上市州为一个月左右，县市区为10天左右，对存在突出环境问题的地方，可不定期开展专项督察。对负有环境保护监督管理职责的有关部门，可不定期开展环境保护督察。
督察的内容包括三个方面：一是党中央、国务院及国家环保部门和省委省政府环境保护重大决策部署，环境保护法律法规和国家环境保护计划、规划、重要政策措施落实情况；大气、水、土壤污染防治，主要污染物减排，生态保护，危险废物管理，核与辐射安全监管等环境保护工作目标任务完成情况。
二是督察重要水体及相关流域的水环境质量、集中式饮用水源地水质达标情况、城区空气环境质量等主要环境指标的历史、现状及变化趋势；自然保护区生态环境保护、重金属污染整治等影响科学发展与群众健康度重点环节问题的解决情况。
三是环境保护责任落实情况及政府环境保护监管能力建设情况。