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2000年5月31日，南京大屠杀史研究会“日本教科书问题研究分会”正式宣告成立，国内外50名研究日本历史问题的专家学者被该会聘为首批特约研究员。分会的主要工作任务是深入进行“日本历史教科书问题”的专题研究，如：“日本历史教科书问题的根源和社会基础”、“日本历年来在历史教科书中对南京大屠杀、慰安妇、731细菌战等问题的表述与删改”、“日本右翼势力、极端民族主义分子、新国家主义分子与修改教科书的关系”、“日本政府对教科书问题所采取的立场、方法及其对策”、“日本侵华70年暴行史研究”、“日本与德国承担战争责任之比较性研究”等等，用历史事实揭露日本右翼势力通过篡改教科书否定历史、毒害青少年的图谋，维护历史的真相，维护国家的利益和民族的尊严。
该分会与南京大屠杀史研究会合署办公，会址设在江东门纪念馆内。会长、副会长、特约研究员人员名单如下：
| 会 长： | 朱成山 | 侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆馆长 | |
| 副会长： | 经盛鸿 | 南京师范大学历史系教授 | |
| 孟国祥 | 南京医药大学社教部主任、教授 | ||
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特约研究员： |
北京大学历史系 | 牛大庸 | 教授 |
| 徐 勇 | 教授 | ||
| 南开大学历史系 | 郑彭年 | 教授 | |
| 严欣群 | 教授 | ||
| 上海复旦大学历史系 | 赵建民 | 教授 | |
| 龚柏华 | 教授 | ||
| 上海师范大学 | 苏智良 | 教授 | |
| 华东师范大学历史系 | 周洪君 | 教授 | |
| 管建强 | 教授 | ||
| 华中师范大学 | 章开沅 | 教授 | |
| 南京大学历史系 | 张宪文 | 教授 | |
| 朱宝琴 | 教授 | ||
| 申晓云 | 教授 | ||
| 张 生 | 教授 | ||
| 南京师范大学历史系 | 经盛鸿 | 教授 | |
| 张连红 | 教授 | ||
| 郑 忠 | 副教授 | ||
| 吴晓晴 | 教授 | ||
| 中国社会科学院 | 章伯峰 | 研究员 | |
| 荣维木 | 研究员 | ||
| 庄建平 | 研究员 | ||
| 汤重南 | 研究员 | ||
| 吴广义 | 研究员 | ||
| 中国军事医学科学院 | 郭成周 | 研究员 | |
| 中国社会科学院近代史研究所 | 步 平 | 副所长、研究员 | |
| 江苏省社会科学院历史所 | 孙宅巍 | 研究员 | |
| 王卫星 | 研究员 | ||
| 中国第二历史档案馆 | 马振犊 | 研究员 | |
| 曹必宏 | 研究员 | ||
| 胡菊蓉 | 研究员 | ||
| 蔡锦松 | 研究员 | ||
| 郭必强 | 研究员 | ||
| 杨 斌 | 研究员 | ||
| 江苏省档案馆 | 徐立刚 | 副研究员 | |
| 上海市委党校 | 刘惠恕 | 教授 | |
| 江苏省委党校 | 杨夏鸣 | 教授 | |
| 台湾地区 | 李恩涵 | 教授 | |
| 俵义文 | 教授 | ||
| 日本 | |||
| 笠原十九司 | 教授 | ||
| 井上久士 | 教授 | ||
| 松冈环 | 特约研究员 | ||
| 林伯耀 | 研究员 | ||
| 山内小夜子 | 研究员 | ||
| 由木荣司 | 研究员 | ||
| 王 选 | 研究员 | ||
| 美国 | 邵子平 | 特约教授 | |
| 吴天威 | 教授 | ||
| 杨觉勇 | 教授 | ||
| 德国 | 墨 轲 | 教授 | |