双方见面之前，马英九于6日早上10点紧急召开记者会，对昨晚晶华酒店前爆发的冲突表达失望。马英九说，他对民进党未遵守集会和平理性的承诺感到失望，民进党未负起责任，严重影响台湾声誉。

马英九6日上午在台北宾馆会见海协会会长陈云林一行。马英九与海协会会长陈云林的会面于１１时５分许结束，双方互赠了礼物。

亲民党主席宋楚瑜５日中午在台北圆山大饭店设宴，欢迎海协会会长陈云林及其率领的海协会协商代表团。宋楚瑜在致词时说，自己心情非常兴奋和感动。陈云林会长和海协会代表团排除万难来到台湾，与海基会共同用智慧和努力，写下了两岸关系新的历史，正如当天报纸标题所说的，“这是一个新的纪元”。