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食品生产经营者是食品安全自查的法定主体，食品生产经营者可自行完成自查工作，也可委托第三方审查评价机构组织开展自查工作。对消费者投诉、媒体曝光存在较为集中食品安全问题的；以往发生过类似食品安全问题的；涉及行业共性食品安全问题的；监管部门在案件查处、监督检查中发现食品安全问题的；监督抽检不合格或被约谈告知食品安全风险隐患和食品安全问题的；存在导致发生食品安全事故潜在风险和食品安全问题等6类情况，食品生产经营者应当开展专项自查。
食药监部门应结合日常监督检查和巡查，对食品生产经营者自查制度落实和自查表填写情况进行抽查。各地根据食品生产经营者信用等级、食品安全量化等级等合理确定监督抽查频次，原则上优秀等级（A级）单位每年不少于一次，良好等级（B级）单位每半年不少于一次，一般等级（C级）单位每季度不少于一次，较差等级（D级）单位每两个月不少于一次。食药监部门对未建立、未执行食品安全自查制度的，特殊食品生产企业未定期提交自查报告的，生产经营条件发生变化未按规定处理的等情形，依照《食品安全法》进行查处。