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《方案》重点突出建机制，即构建公立医院运行新机制、多元办医协同发展机制、分级诊疗有效运行机制、医疗保险统一运行机制、基层医疗卫生机构可持续运行机制、药品供应保障规范运行机制、相关领域综合支撑机制和政府主导的卫生投入机制。
取消公立医院行政级别
《方案》明确，完善公立医院法人治理结构和治理机制，落实公立医院人事管理、岗位设置、内部分配、运营管理等法人自主权。对于资产多元化、实行托管的公立医院以及医疗联合体等可在医院层面成立理事会。
健全院长选拔任用制度，鼓励实行院长聘任制，突出专业化管理能力，推进职业化建设。开展公立医院“去行政化”的改革试点，取消公立医院的行政级别。
根据医疗行业高风险、高技术、高强度、人才成长周期长等特点，合理确定绩效工资总额，提高医务人员待遇，并建立动态调整机制，逐步提高人员经费支出占业务支出比例。
实行公立医院院长目标年薪制，合理核定年薪水平。采取定性与定量相结合、年度与日常考核相结合的方式对院长进行全面考核，考核结果与院长年薪和医院工资总额挂钩，促使院长切实履行职责。
严禁给医务人员设定创收指标，严禁院长收入与医院的经济收入直接挂钩，严禁医务人员奖金、工资等收入与药品、耗材和大型医学检查等业务收入挂钩。
今年底城市公立医院实行药品零差率销售
《方案》提出，在县级公立医院全面取消药品加成的基础上，到2016年底所有城市公立医院实行药品零差率销售。通过调整医疗服务价格、加大政府投入、改革支付方式、降低医院运行成本等，建立科学合理的补偿机制。
按照“总量控制、结构调整、有升有降、逐步到位”的原则，合理调整医疗服务价格，提高诊疗、手术、护理、床位、中医服务等体现医务人员劳务价值的项目价格，降低药品、医用耗材和大型设备检查价格。
改革价格形成机制，逐步减少按项目定价的医疗服务项目数量，积极探索按病种、按服务单元定价。理顺不同级别医疗机构间和医疗服务项目的比价关系，建立以成本和收入结构变化为基础的价格区域动态调整机制。采取有效措施解决积压药品和耗材虚高价格，为调整医疗服务价格留出空间。
发挥医疗保险对医疗服务的支付和约束功能，将调整后的医疗服务收费按规定纳入医保支付范围，控制基本医疗保障范围外的医疗服务，缩小医保基金政策范围内报销比例与实际报销比例的差距。
年满60的乡村医生可享生活补贴
《方案》明确，支持和引导符合条件的乡村医生按规定参加职工基本养老保险。不属于职工基本养老保险覆盖范围的乡村医生，可在户籍地参加城乡居民基本养老保险。对符合条件的老年医生，按规定给予生活困难补助。
逐步建立乡村医生退出机制。年满65周岁、身体健康状况难以胜任村卫生室工作任务的乡村医生，在乡村医生执业再注册时，原则上不予注册。年满60周岁的在岗乡村医生，本着自愿原则，可退出乡村医生岗位，并按省定标准享受生活补贴。
《方案》同时提出，鼓励社会力量举办独立的医学检验、影像诊断、病理诊断、血液透析、中医类专科机构和只提供传统中医药服务的中医门诊部、中医诊所。鼓励开设中医坐堂诊所。
鼓励社会力量与公立医院共同举办新的非营利性医疗机构，支持发展专业性医疗管理集团。公立医疗资源富余的地区，可选择部分公立医院运用市场竞争方式，引入社会资本进行改制。
逐步实现省内异地就医直接结算
《方案》明确，建立完善省级异地就医结算平台，基本实现省内统筹地区之间就医人员信息、医疗服务数据以及费用结算数据等信息交换，并通过平台开展省内异地就医直接结算工作。
以异地安置退休人员为重点，积极推进跨省即时结算。各统筹地区医保经办机构可探索通过自主协商、委托商业保险经办等方式，解决跨省异地就医结算问题。
同时，研究建立医疗保险省级调剂金制度，解决异地就医结算资金周转问题。