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会议明确，严格疫苗流通管理，将自愿接种的第二类疫苗比照国家免疫规划用的第一类疫苗，全部纳入省级公共资源交易平台集中采购，不再允许药品批发企业经营疫苗，坚决制止通过借用资质和票据进行非法经营的“挂靠走票”等行为。
两部委表示，将改革完善第二类疫苗集中采购机制，第二类疫苗由省级疾病预防控制机构组织集中采购，由县级疾控机构向疫苗生产企业采购后供应给辖区内接种单位。接种单位不得直接向疫苗生产企业购买第二类疫苗。疫苗生产企业直接向县级疾控机构配送第二类疫苗，或者委托具备冷链储存、运输条件的企业配送，这将大大减少中间环节，有效解决第二类疫苗流通混乱的问题。
会议提出，建立疫苗从生产到使用的全程追溯制度，强化储存、运输冷链要求，增设疾控机构、接种单位在接收环节索要温度监测记录的义务。
对此，两部委明确，将加快建立全国预防接种信息管理系统，疫苗生产企业、疫苗进口单位、配送企业、县级疾控机构和接种单位要依法建立真实完整的销售、购进、储存、分发、供应记录，并做到票证一致、票货一致、票款一致。加强疫苗冷链管理，疫苗储存、运输的全过程不得脱离冷链，并定时监测、记录温度；食品药品监管部门将组织制定疫苗生产、储存、运输的操作规范，加强冷链运输过程的规范化管理。
会议要求，加大处罚及问责力度，对非法购销、未按规定储运疫苗等违法行为提高罚款金额，增设对责任人员的禁业处罚，并严格属地监管职责，增加地方政府及监管部门主要负责人引咎辞职的规定。
为严格禁止非法疫苗销售行为，两部委明确，未取得资质的任何企业和个人不得从事疫苗买卖、储存、运输等活动。任何单位和个人不得采用邮售、互联网交易等方式销售疫苗，也不得以任何方式赠送疫苗。药品经营企业不得销售疫苗。
同时，将规范接种单位设置和人员资质，在农村地区实行以乡镇为单位的集中接种模式，村医不得开展第二类疫苗接种业务。规范预防接种设施条件、疫苗和冷链管理、监测和不良反应处理、预防接种告知和宣传行为、以及预防接种记录和报告。确保落实各级疾控机构人员编制，疾控机构的人员经费、公用经费和业务经费要全额列入预算，对于财政投入不足的部分要进行认真核实，由同级财政予以保障。并建立科学合理的绩效考核和绩效工资分配制度。
此外，还将建立完善预防接种异常反应补偿保险机制。鼓励建立通过商业保险等形式对预防接种异常反应受种者予以补偿的机制，提高预防接种异常反应的补偿公平性和补偿效率。在未建立预防接种异常反应保险机制之前，各地应仍按现行规定开展补偿工作。建立国家免疫规划疫苗动态调整机制，根据传染病防控需要和国家经济发展水平，结合专家科学论证意见，逐步将安全有效、财政可负担的第二类疫苗纳入国家免疫规划。
两部委新闻发言人表示，预防接种工作是防控传染病最经济、最有效的手段。党中央、国务院高度重视预防接种工作，先后颁布了《传染病防治法》等多部法律法规，实施了国家免疫规划，健全了预防接种服务体系，通过持续开展预防接种工作，先后消灭了天花，实现了无脊髓灰质炎目标，白喉、百日咳、麻疹、乙肝等严重危害儿童健康的传染病得到有效控制，建立起一道有效的免疫屏障，在我国传染病防治工作中发挥了不可替代的重要作用。疫苗预防接种工作关系人民群众生命安全和身体健康，不能有丝毫的疏忽和差错。
据悉，国家卫生计生委、食品药品监管总局将会同相关部门，依法履职，加强部门间政策协调和信息沟通，提高疫苗全过程、各环节监管能力，建立完善规范透明、公平有序、监督到位、处罚严明的疫苗流通机制和依法、科学、有序、规范的预防接种管理制度，确保接种安全，切实维护人民群众健康。