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2016年，湖南省承担国家总局转移地方食品安全监督抽检任务9672批次，分担国家总局任务13378批次，由省食药监局及各市州局共同完成。抽检计划共涉及粮食及粮食制品、食用油、肉及肉制品、乳制品、饮料等33食品大类，129个食品品种、200个食品细类。
按照抽检计划，食品安全抽检覆盖全省所有市州、县区、乡镇，将我省所有获得生产许可证的食品企业（总局公布的重点抽检企业除外）纳入抽样对象。对省局公布的重点抽检企业等市场占有率高的食品生产企业要加强抽检。流通环节涵盖批发市场、农贸市场、商场、超市、小食杂店等不同业态。餐饮环节重点为学校和托幼机构食堂以及中央厨房、集体用餐配送单位、旅游景区餐饮服务单位等。抽检计划还对包括乳制品、植物油、大米、焙烤食品、巧克力、葡萄酒等在省内经营的进口食品和食用植物油、果蔬汁饮料、葡萄酒及果酒、炒货食品及坚果制品、糕点等产自湖南省内的网络销售食品（含自制食品）加大抽检力度。
按照抽检计划，各市州、县级食品药品监管部门负责组织开展本辖区内食用农产品抽检。各市州应根据本市州食用农产品批发市场的交易数量和季节特点等按比例确定抽样频次和数量，结合既往发现的农兽药滥用和残留问题，重点加强对叶菜类蔬菜抽检和禁限用农兽药检验。各市州局原则上每户入场销售者每月至少抽检1批次。县级局每周抽检蔬菜、水果、畜禽肉等食用农产品，每月至少抽检20个批次，全年不少于240批次。市州局要对本地规模以上食用农产品批发市场进行抽检，县级局要对农贸市场、商场超市等经营单位进行抽检。
按照抽检计划，市州、县级局收到不合格食品检验报告后，应在5个工作日内启动对不合格食品及其生产经营者的核查处置，全面掌握处置信息。对于抽检食品不合格的食品生产经营企业，要责令其停止生产经营、召回全部市场销售的食品，并监督企业彻查原因，督促其全面整改，其有关同类食品必须经复查检验合格后才能验收通过。收到不合格样品中含有非食用物质或其他可能存在较高或急性健康风险的检验报告后，要在24小时内启动核查处置程序。对存在违法行为的，依法严厉查处，涉嫌犯罪的，移送公安机关。食品及食用农产品抽样检验工作已纳入对各级政府和食品药品监管部门食品安全工作年度考评重要内容，对未完成计划任务、核查处置不到位的，进行挂牌督办；对因抽检工作措施不到位，出现食品安全事故的，严肃追究有关人员责任。对工作进度、抽样检验、核查处置、信息公布、数据报送、承检机构管理等进行定期考核，通报月度、季度、半年度工作开展情况。