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研究报告指出目前我国食品安全凸显的4大问题。2009年至2013年国家卫计委网络直报系统共收到食源性疾病暴发事件1244起，累计38958人中毒，749人死亡，病源微生物污染是造成食品中毒死亡的主要原因;农兽药滥用依然是当前食品安全源头污染的主要来源;重金属、真菌毒素等污染物构成粮食食品安全的长远隐患，重金属超标率较高的粮食在南方和西南省区。我国每年有3100万吨粮食在生产、储存、运输过程中被真菌污染，约占粮食年总产量的6.2%;另外，非法添加、掺杂使假和欺诈仍是我国现阶段突出的食品安全问题。
研究报告指出我国食品安全问题原因，首先是农产品产地环境污染严重。我国1/3以上的河段受到污染，90%的地下水遭受不同程度的污染，其中60%严重污染;全国耕地污染总超标率为16.1%，其中中度和重试污染占2.9%。项目组发现，我国重金属、真菌毒素等污染物构成粮食食品安全长远隐患，部分省份粮食重金属污染超标率已经超过20%，南方和西南省区超标率较高。每年有3100万公顷粮食在生产、储存、运输过程中被真菌毒素污染，约占粮食年总产量的6.2%。
项目组建议，食品安全治理一方面要完善法律法规、标准和监管体系，一方面要让产地环境污染治理见实效，食源性疾病实现主动预防和控制;实施国家食品安全重大科技专项，提高技术创新能力;构建国家食品安全风险预警网络平台，保证“舌尖上的安全”;加强食品工业道德法规建设。