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目前，云南大学在校研究生总数达15998人，其中博士研究生865人，全日制硕士研究生6843人，非全日制专业学位研究生8129人，外国留学生161名。三十余年来，学校已累计授予博士学位1000余人，授予硕士学位23000余人，
完善培养方案加强实践实训
为满足国家和社会对高层次人才的需求，云南大学一直重视对培养模式的改革、调整和探索。自2014年2月，云南大学已经完成了所有不同类型、层次的研究生培养方案的修订。在此次修订中，各专业按照人才培养的规律和社会需求系统地调整课程结构，以完善学生知识结构、理论基础、技能训练；其次，还区分了学术型研究生和专业硕士的培养目标和培养过程。
在过去的几年里，云南大学设置和建设了一批实践实训基地，开展学生集中实习和实践实训。例如，2010年以来本校商旅学院MBA以MIT合作项目为基础，学校与MITSLOAN管理学院ActionLearning(实践学习中心)合作，开设由两校学生共同参加的企业咨询实践课程——“MITChinaLab”(中国企业合作实践课)，取得了良好的教学和培养效果。又如云南大学与昆明市中级人民法院联建了集联合授课、指导论文、科研、学生实习于一体的“云南大学﹑昆明市中级人民法院知识产权司法保护教学研究基地”。公共管理学院社会工作专业依托公益组织云南省连心社区照顾服务中心持续开展着社会工作的公益性专业实践教学活动，不仅提升了学生的专业素养，还增强了学生的公民意识。
除了校外的实习实践基地建设之外，本校依托各类实验室建设和新校区建设，建立了一批校内新型的实习实训实验室或基地。例如，新闻采编实验室、模拟导游实验室、模拟法庭等。
完善导师队伍加大联合力度
云南每年进行博士生导师考核、适时进行遴选，保持博士生导师队伍的动态管理，现有在岗博士生指导教师218人。在硕士生导师方面，专职硕士研究生指导教师863人。除了专职导师，为适应理论教学与实践、实务问题的有效链接，还聘任了来自实务领域的专家型兼职硕士生导师340余名，建立起了一支学历、学缘、年龄结构、知识结构较为合理的导师队伍。
在博士生联合培养方面，云南大学与中科院昆明植物研究所、中科院昆明动物研究所开展联合培养工作，吸引了优质生源，提高了导师力量，提升了培养质量。现已有博士生取得学位。、
创新培养平台拓展国际合作
为实现培养规模与培养质量的和谐发展，学校深入推进“云南大学研究生教育创新计划”，积极探索和推动研究生管理体制和培养机制改革。
近年来，学校连续五年举办了全国民族学、人类学研究生暑期学校，在国内外产生了较大的影响；2013年云大法律硕士、MBA专业学位研究生教育综合改革试点顺利通过了教育部的验收；进3年共立项建设了14部研究生教材，立项建设15门研究生精品课程；实施“优秀博士学位论文培育项目”，近3年共遴选资助了9名博士生进行优秀博士论文培育。近3年来已有4人获全国优秀博士论文提名，荣获云南省优秀博士学位论文28篇，优秀硕士学位论文85篇，2013年云南大学共获第一届云南省博士学术新人奖15项；设立“研究生科研创新研究项目”，近3年立项资助了220项研究生科研创新项目。
研究生对外交流与合作深入推进，2012年来云南大学共有200余名研究生通过不同途径到国外高校和科研机构进行访学、实践、交流和攻读学位。其中一些院系已经形成一些固定的交流项目，例如汉语国际教育专业硕士每年均派出几十名学生赴海外进行援助和教学；法学院与挪威奥斯陆大学法学院、德国萨尔大学欧盟学院、台湾东吴大学形成了固定的师生互派交流机制；民族学专业安排师生到周边国家开展海外民族志调查研究等等。
调整学科专业建设一流学科
目前我校一共有一级学科博士学位授权13个；二级学科博士学位授权91个；一级学科硕士学位授权38个，二级学科硕士学位授权201个；专业学位授权19个。其中，自主设置17个博士二级学科，自主设置25个硕士二级学科。
在自主设置二级学科时，云南大学主要依据两点：一是在学校优势学科内设置，以保证人才培养的质量和人才竞争力，例如植物育种与种质资源专业、；二是针对国家和地方社会经济发展迫切需求人才的领域内设置，以满足国家和地方特殊人才培养的需求。例如，跨境生态安全、民族法学、植物育种与种质资源等专业。
2013年以来，云南大学加速学科发展规划和布局，实施学科建设的“三五工程”，即打造民族研究﹑边疆研究﹑国际关系研究﹑生物多样性研究﹑生态环境研究领域5大学科高地；建成工学、农学、医学、经济学、管理学5大学科集群；培育天文学、大气科学、地质学和地理学、滇学、水学5大学科新优势。
在未来的建设中，云南大学将力争建成民族学、政治学、中国史、生物学、生态学5个在全国领先、具有竞争力的一级学科，20个左右一级学科博士学位授权；建成结构合理、特色鲜明、优势突出，适应产业结构优化升级和社会发展需要的学科体系。